Een molen kan pas werken wanneer deze over grondstoffen beschikt die bewerkt kunnen worden. Omdat de opslagruimte in een molen doorgaans zeer beperkt is, treft men vaak bergschuren aan waarin ruwe grondstoffen tijdelijk opgeslagen lagen. De aanvoer van grondstoffen als bijvoorbeeld rijst, tabak en specerijen uit het Verre Oosten had enkel in de zomer plaats. De schepen waren afhankelijk van de moessonwinden om de lange reis te volbrengen. Import van grondstoffen als granen, potas en hout uit de Oostzeelanden was vanwege ijsvorming gedurende het najaar en de winter ook onmogelijk. Pakhuizen vormen zo een cruciale schakel; door molens ook in de winter over voldoende grondstoffen te laten beschikken houden zij de economie ook in de winter draaiende.

De diversiteit van de grondstoffen stelden verschillende eisen aan de opslagruimte. Zo ontstonden er voor specifieke producten afzonderlijke pakhuizen. Hoewel pakhuizen vaak herbestemd werden om een ander product te huisvesten kunnen we zes specifieke modellen onderscheiden; graanpakhuizen, oliebakpakhuizen, kaaspakhuizen, papierpakhuizen, stijfselpakhuizen en veempakhuizen.

Graanpakhuizen waren van groot belang voor de scheepsbeschuitbakkerijen en stijfselmakerijen. Gerst werd door de pelmolens vermalen tot gort, hèt volksvoedsel bij uitstek van de 17e tot 19e eeuw. Deze pakhuizen hadden vaak meerdere etages en vele deuren aan de voorzijde. Het graan werd via steile ladders naar boven gebracht. De afvoer liet men aan de zwaartekracht over; door in de vloeren aangebrachte schuifluiken liet men het graan naar beneden stromen. Omdat de belasting op de vloeren vaak hoog kom oplopen moesten graanpakhuizen voorzien worden van extra stutten tussen de vloer- en zolderbalken.

Oliebakpakhuizen beschikten over gemetselde kelders waarin de eindproducten van de oliemolens opgeslagen konden worden. Lijn- en raapolie werden onder de vloer opgeslagen in vierkante bakken. Door middel van houten pompen kon men de olie overpompen. De verdiepingsvloeren van het pakhuis werden gebruikt voor de opslag van de ruwe grondstof; oliehoudende zaden. De ventilatieluiken in de zijwanden waren van groot belang om broei onder de opgeslagen grondstoffen te voorkomen.

Kaaspakhuizen beschikten over extra tussenstijlen ten behoeve van de stellingen die nodig waren om de kazen te laten rusten. Tussen de stellingen bevinden zich smalle looppaden omdat men de jonge kazen regelmatig moest keren. Ramen ontbraken doorgaans volledig.

Papierpakhuizen vallen met name op door hun lengte. Dit is nodig voor het droogproces. Van de ruim 60 papiermolens in de Zaanstreek is enkel de molen “De Schoolmeester” te Westzaan nog aanwezig en in bedrijf.

Stijfselpakhuizen, ooit talrijk aanwezig, zijn helaas allemaal verloren gegaan. Stijfsel, nodig voor het stijven van linnen kleding, molenkragen en kant was een voornaam exportproduct uit de Zaanstreek. Opslag van de stijfselblokken vond plaats op de verdiepingen boven de werkplaats. Via een ingenieus systeem kon men de stijfsel naar beneden halen. Door de stank die vrijkwam tijdens het productieproces bevonden deze pakhuizen zich voornamelijk buiten de bebouwde kom.

Veempakhuizen waren multifunctionele pakhuizen die ingezet konden worden voor de opslag van diverse goederen. Dit kon gaan om tabak, maar ook specerijen. Zowel de verkoper als de koper konden hun goederen hier tijdelijk opslaan. Een verhuizing na aankoop was dus niet direct nodig.

In 1901 werd het bouwen van houten pakhuizen (mede uit het oogpunt van de brandveiligheid) verboden. Diverse gemeenten gaven nog veelvuldig ontheffingen om alsnog nieuwe houten pakhuizen te laten omdat de capaciteit van de bestaande pakhuizen niet toereikend was. In de periode van 1912 tot 1940 verreizen daarom in de Zaanstreek een groot aantal silo’s van gewapend beton.