Zodra besloten was het Meer droog te leggen, ontstond een hevige discussie of dit per windbemaling of stoombemaling gedaan moest worden. Koning Willem I beslechtte dit geschil in het voordeel van de nieuwe technieken. Maarliefst een kwart van de toenmalige Staatsbegroting was gereserveerd voor het ontwikkelen en droogmaken van de Haarlemmermeerpolder. Eén van de drie gebouwde gemalen is de Cruquius. Het gemaal dankt zijn naam aan Nicolaus Samuelis Cruquius (1678-1754), een Nederlands waterbouwkundige die in 1742 één van de plannen voor de inpoldering van het Meer indiende.

Na voltooiing van het gemaal in 1849 beschikte De Cruquius over zes stoomketels van het Cornwall-type. Een moderne ketel voor zijn tijd, maarliefst 10 meter hoog en 2,5 meter in doorsnede. Samen met de andere gemalen pompte men in ruim drie jaar het Meer leeg. Hierna lag de focus van het gemaal op het droog houden van de polder. Vanwege de grote hoeveelheden regen in het voorjaar kreeg het gemaal tussen 1859-1861 twee nieuwe zijvleugels waarin nog vier dezelfde ketels geplaatst werden. In 1888 werden de ketels vervangen door een nieuwer model: de Lancashire-ketels. Tegelijkertijd werden echter de andere twee gemalen dusdanig gemoderniseerd dat ze samen voldoende pompvermogen hadden om de Haarlemmermeerpolder droog te houden. De Cruquius kreeg vanaf 1912 een reserverol, tot de buitengebruikstelling in 1933.

Zonder monumentenstatus leek het snel gedaan met De Cruquius. Het Koninklijk Instituut van Ingenieurs (KIVI) zag het gemaal echter als hoogtepunt van het stoomtijdperk en nam het gemaal in 1933 over voor het symbolische bedrag van 1 gulden. Het KIVI had de bedoeling het gemaal in gebruik te nemen als eerste museum in Nederland gericht op de industriële geschiedenis. Deze droom is uitgekomen en De Cruquius geniet wereldwijd een iconische status als exponent van het stoomtijdperk. Het gemaal is Ankerpunt van de European Route of Industrial Heritage (ERIH).