De dijk waarin de Kolksluis is aangebracht werd in 1200 als zeewering aangelegd van Santpoort via Spaarndam langs het IJ naar Amsterdam. De Kolksluis heeft 1285 als bouwjaar en is hiermee de oudste sluis van Europa. Het was de toenmalige Graaf van Holland, Floris de Vijfde, die toestemming verleende voor het bouwen van de sluis.

De Kolksluis heeft aan de kant van het IJ extra vloeddeuren die bij zeer hoog water gesloten kunnen worden. Deze deuren zijn in 2010 vervangen door nieuwe exemplaren. Hoewel de Kolksluis met een maximale kruiphoogte van 3,50 meter, een breedte van 5,80 en diepte van 1,70 meter ruim vier keer zo klein is als de naburige Grote Sluis, verkiezen veel plezierboten om gebruik te maken van deze historische sluis.

Dat de Kolksluis een belangrijke functie heeft, de sluis maakt nog altijd onderdeel uit van de zeewering, blijkt ook uit het verleden. Zo kon je in Spaarndam aan de galg belanden voor het beledigen van de sluiswachter. De laatste keer dat iemand om die reden aan zijn einde is gekomen was echter in 1537. De Kolksluis heeft tot 1927 dienstgedaan. Na sluiting werd de sluis gerestaureerd, maar bleef daarna buiten gebruik. In 2009 is de sluis met behulp van een vaste groep vrijwilligers opnieuw in gebruik genomen.